מעקב שינויים נועד לבקרה על כל השינויים שנעשו במערכת. ונחוץ ביותר לתחזוק ותפקוד שוטף של המערכת.
במערכת APTCRM כל שינוי נרשם במערכת, שינויים שנעשו בכרטיס האלפון, ואף שינויים שנעשו בכרטיסי פעולה שונים במערכת כמו כרטיס תנועה, כרטיס לקוח, משימה, ועוד טפסי פעולה רבים.
כל שינוי מקושר לכרטיס האלפון ומופיע בלשונית שינויים, השינויים מתועדים עם תאריך השינוי, שם המשתמש שביצע את השינוי, הערך הישן והערך החדש.
שינויים שנעשו בכרטיסי פעולה שונים במערכת כמו, כרטיס תנועה, כרטיס לקוח, משימה, ועוד טפסי פעולה רבים, נרשמים אף הם במערכת. בכל כרטיס פעולה ישנו לשונית שינויים. בלשונית זו נרשמים כל השינויים שנעשו בכרטיס הפעולה. שינויים אלו נרשמים בנוסף גם בכרטיס האלפון.
מערכת בקרת פעולות של כלל המשתמשים בסינון טווח תאריכים.
מסך זה מתחלק לבקרת פעולות חדשות שנקלטו בין התאריכים הנבחרים, ומסך בקרת שינויים בכרטיסים קיימים של כלל המשתמשים בין התאריכים הנבחרים.
בנוסף כל רשומה חדשה שנקלטה במערכת, תופיע למשתמש במסך הראשי של התוכנה הרשומות החדשות שנקלטו להיום, עם אפשרות לדפדף לתאריכים קודמים
